La IX región de La Araucanía es un amplio territorio que posee una gran variedad de hábitat. Según estudios realizados hasta la fecha, en ellos existen alrededor de 220 especies de vertebrados terrestres. Estos se desglosan en 42 especies de mamíferos, 150 de aves, 12 de reptiles, y 16 de anfibios. Es posible que las diversidad específica en la IX región sea mayor, lo que deberá comprobarse con otras investigaciones que complementen la insuficiente información disponible hoy.

La mayor parte de los estudios se han efectuados en las áreas silvestres protegidas de la región, situadas en la Cordillera Andina, en donde se protege la mayoría de especies registradas.

Pese a estar menos estudiada, la zona Costera reviste gran importancia desde el punto de vista de la fauna nativa, en especial de la avifauna que depende de humedades como por ejemplo el lago Budi , que alberga a más de 132 especies.

En cuanto a peces, estudios preliminares señalan la existencia de alrededor de 20 especies ícticas de agua dulce.

Anfibios y reptiles también aparecen en la IX región.

La abundancia de vegetación en algunos sectores de la Novena región implica la existencia de numerosos insectos como la mariposa negra , y de aves tan diversas como las cachañas , una especie de loro que se alimenta con los frutos de la araucaria.

En otras áreas del mismo ecosistema es posible encontrar al pudú , un ciervo que pasa por ser el más pequeño del mundo, además de otros mamíferos carnívoros como el quique , el chilla , el guiña y el puma , todas catalogadas como especies vulnerables o en peligro.

En los lugares donde hay corrientes continuas de agua, próximas a las tierras volcánicas, se desarrolla el pato correntino , un excelente nadador.

También hay otras especies que tienen el carácter de vulnerables, como la bandurria , el cóndor , la becacina , la torcaza y el carpintero negro entre las aves.

También hay especies catalogadas como raras o poco estudiadas: el ratón topo valdiviano , entre los mamíferos; y el huairavillo , la gaviota andina y el nuco , entre las aves.

El ciervo rojo es un mamífero que parece fuera de peligro.