Su Memoria de grado, sobre "Higiene Popular", hizo época dentro del gremio médico.

Un año más tarde, la epidemia de cólera que abatió a Valparaíso probó la vocación de Ernestina, cuyo trabajo para aliviar a los enfermos resultó inapreciable y abnegado El gobierno hizo pública su gratitud a esta mujer extraordinaria, quien dedicó toda su vida al ejercicio de la profesión médica.

Ansiosa de perfeccionamiento, viajó muchas veces al extranjero, donde su condición de mujer sorprendía a sus colegas internacionales, poco o nada acostumbrados a médicos de sexo femenino.

Aparte de eficiencia y abnegación, Ernestina Pérez poseyó un firme sentido del humor que la hacía reírse de algunos retrógrados que criticaban su labor por considerarla inadecuada para una mujer. Ella, además, poseyó inamovible fe en la condición femenina profesional futura. Siempre dijo que, pasado menos de un siglo, miles de chilenas seguirían sus pasos universitarios.

El tiempo le ha dado la razón.